流域自然特征
地貌
尼罗河流域南起东非高原，北抵地中海岸，东倚埃塞俄比亚高原，并沿红海向西北延伸，西邻刚果盆地、乍得盆地并沿马腊山脉、大吉勒夫高原和利比亚沙漠向北延伸。所跨纬度从南纬4，至北纬31，达35。之多。
流域地貌可简单归结为：主要由结晶岩组成的东非高原和由熔岩构成的埃塞俄比亚高原分别踞于流域的南侧和东南侧；整个苏丹基本上是一个由南往北微缓倾斜的巨大构造盆地，尼罗河纵贯其间；喀土穆以下尼罗河东西两侧则为广阔的沙漠台地。
(1)上游段：河源至维多利亚湖出口的河源段具有明显的山地河流特征，维多利亚湖出口至尼穆莱，河床比降达1：1200，沿途有卡巴雷加瀑布。该河段流经地区除了维多利亚湖、基奥加湖等裂谷间的高原浅水湖泊，还有沿西支裂谷发育的蒙博托湖、爱德华湖和乔治湖等断层湖泊。
(2)中游段：尼罗河流经广阔的苏丹粘土平原，地势平坦，比降极缓，马拉卡勒以上比降只有1：13900，沿途沼泽密布，河道分汊漫流。从马拉卡勒至喀土穆，河床比降更趋平缓，仅1：100000。
(3)下游段：尼罗河下游河段可细分为，①喀土穆至阿斯旺的峡谷段，尼罗河切穿广袤的沙漠谷地，奔流而下，比降1：6000。由于结晶岩广泛出露，河床基岩软硬相间，形成著名的六大瀑布群；②阿斯旺至开罗段，穿越东、西部沙漠之间，河谷宽展而平坦，沿岸有狭长的河漫滩，比降为1；13000；③开罗以下的河口段，大致从开罗以下20km处开始，河流分汊注入地中海，形成巨大的尼罗河三角洲，面积达2．4万km2，冲积土层平均厚度在18m以上，地表平坦，河网纵横，渠道密布，沿海多泻湖和沙洲。
气候、水文
尼罗河流域跨纬度35，南北气候迥然不同，呈现明显的纬度地带性，同时非地带性因素(主要是地形)也在一定程度上影响气候带的分布。
位于流域东南部的埃塞俄比亚高原，由于地形隆起，气候出现垂直带谱，并具有干湿季分明的特点。夏季，北非和阿拉伯半岛上空属低压带，南印度洋吹来的东南信风越过赤道转为西南风，与来自几内亚湾的湿热气流合并为强大的西南气流，沿高原迎风坡抬升，形成7—9月的“大雨期”。冬季，高原盛行来自西南亚大陆干燥的东北风，形成l0月至翌年2月的干季。3～4月，苏丹位于低压中心，从印度洋面吸引一股湿润气流，在高原大部分地区形成“大雨期”前的“小雨期”。高原年平均降雨量1000—2000mm，是尼罗河流域最重要的降雨中心。
流域南部，东非高原西北部不仅受来自几内亚湾湿润气流的影响，而且由于地处赤道湖区，太阳辐射强烈，对流旺盛，因此雨量充沛，年平均降雨量1200～1300mm，季节分配也较均匀：月平均降雨量最多不超过180～200mm，最少不低于50～60mm，没有明显的干季，相对湿度约为70％，这是尼罗河流域的另一个降雨中心。
由尼穆莱往北，雨季缩短，雨量递减，等雨线基本上呈纬向分布。苏丹南部雨季出现在4～10月，中北部则限于7～8月。喀土穆年雨量不足200mm，而栋古拉—开罗之间年雨量更在25mm以下，阿西尤特以南经常终年无雨。由于受地中海式气候的影响，自开罗起北至沿海，年雨量从25mm渐增至200mm，降雨多在冬季。
由于尼罗河流经广大的沼泽和沙漠区，流域内降雨绝大部分耗于蒸发，径流系数仅0．06，径流深度也很小，仅28mm，各河段的多年平均径流量变化量很大。流域年径流量绝大部分来自干湿季分明的埃塞俄比亚高原，因此就全流域而言，径流年内分配也很不均匀。索巴特河口以上，由于有众多湖泊以及广大沼泽调节，全年流量比较稳定，但索巴特河以下，包括索巴特河在内的尼罗河干、支流每年则呈现明显的洪水期和枯水期，8～10月水量最丰，占全年水量的70％，2～4月为枯水期，洪峰愈往北愈推迟。尼罗河流域地表径流年际变化很大，有丰水年和枯水年之分。据记载，1978年曾达1510亿m3，而1913年仅420亿m3。就流量而言，1878年9月最大洪水流量达13500m3／s；1922年5月最小枯水流量仅275m3／s。
尼罗河是条多沙河流，泥沙主要来自青尼罗河。埃及阿期旺的多年平均输沙量为1．34亿t，平均含沙量约1.6kg／m3，最大可达5～6kg／m3。
水资源
尼罗河在阿斯旺的多年平均径流量为840亿m3，即尼罗河的总水量。由于尼罗河流经不同的自然带，水资源的分布亦呈现明显的纬度地带性。流域径流资源总的趋势是由南往北递减。同时，由于非地带性因素(地形)的影响，对水资源的纬向分布产生干扰，在流域内形成最主要的水源区一埃塞俄比亚高原和最大的耗水区一苏丹南部广大沼泽，从而改变了尼罗河流域水量平衡状况。在地带性和非地带性因素的综合作用下，尼罗河流域水资源的空间分布极不均衡，地域差异十分明显。
见尼罗河水系各流域径流资源表，表中列有7个径流区，其中4个是产水区，3个是失水区。
由于尼罗河干支流各流域自然水文特性和水资源状况互有异同，故根据水资源特征，结合气候、地形等因素，将整个尼罗河流域大致分为4个区域：
(1)东非高原全年丰水区：范围自河源至蒙加拉，面积46．6万km2，地处热带雨林、稀树草原，降雨比较丰富，是流域两大降雨中心之一。由于降雨季节分配比较均匀，加上有众多湖泊调节，径流变化较小，这一地区河床比降大，沿途多瀑布急流，有鲁苏木、欧文、卡巴雷加和富拉瀑布等。水能资源比较丰富，仅卡巴雷加瀑布潜在水能资源就达50亿kW·h。
(2)埃塞俄比亚高原季节丰水区：除了青尼罗河、阿特巴拉河流域外，本区还包括索巴特河上游地区，面积约46．9万km2。自然景观呈现垂直带谱、降雨丰沛，但季节分配很不均匀，绝大部分降雨集中在5～9月。干湿季节分明，河水陡涨陡落，形成明显的洪水期和枯水期。这一地区提供的水量占尼罗河干流年径流量的89％，是尼罗河流域的主要水源。
由于落差大、水量多，水能资源最为丰富。仅埃塞俄比亚境内青尼罗河流域水能蕴藏量就达1720亿kW·h，经济上可开发的水能资源为380亿kW·h。
(3)苏丹中南部沼泽失水区：范围自蒙加拉至喀土穆，包括杰贝勒河、加扎勒河、索巴特中、下游以及白尼罗河等流域，面积达89．4万km2。自然景观从南往北由热带稀树草原过渡为半荒漠。年平均降雨量从946mm(蒙加拉)减至167mm(喀土穆)，本区比降极缓，沼泽广泛分布。蒸发消耗大，沼泽失水严重。
(4)尼罗河干流沙漠失水区：范围自喀土穆至河口(除阿特巴拉河流域外)，面积达105．1万km2，自然景观为热带沙漠，降雨稀少，蒸发强烈。这是一个径流上完全依赖上游补给的沙漠失水区。
在喀土穆至阿斯旺河段，河流下切很深，有六处瀑布，水能资源较为丰富。
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